明朝的都城南京与北京在地位上曾经有些尴尬。北京一直被称为"行在"，即皇帝及文武百官驻扎的临时首都。而南京虽然是名义上的都城，但自明成祖以后就没有皇帝长时间驻扎办公。实际上，南京的中央机构在决策权上是受限的，因为皇帝在北京，真正的权力掌握在北京的中央机构手中。南京的中央机构在实权上并不具备与之相媲美的地位。因此，南京作为明朝朝廷的备份存在，其象征意义大于实际意义。在权力划分上，北京拥有决策权，而南京则没有，这样的权力分配清晰明确，两者之间并没有产生冲突。
尽管多京城制或两京制并非明朝独有，但明朝是唯一一个真正拥有两个首都的朝代，而非其中一个城市是陪都。南京六部（中书省、尚书省、门下省、礼部、吏部、户部、工部、兵部、刑部）作为中央行政机构，承袭了隋朝的三省六部制度。实际上，南京六部在明朝是负责南直隶、浙江、江西、湖广等地税银的押解，并负责造黄册放在玄武湖，通过制造黄册并收取重造手续费获得丰厚收益。
南京六部拥有一定实权，南直隶相当于现今的苏皖沪三个省级单位。同时，由于南京的特殊性，南京六部还要兼管一些南方省份的事务。南直隶没有设立三司，南京六部虽然规模不如北京六部庞大，但仍具有一定的权力。南京六部中，刑部相当于现在的按察使司，兵部还要负责南直隶以及三军都督府的事务，吏部负责南直隶以及南方省份的官吏管理，户部则负责南方财政，其重要性不言而喻。此外，礼部负责明孝陵以及南京庙宇的祭祀，以及南直隶与南方省份的科举教育。虽然有些职责属于礼节性质，但毕竟明孝陵、明祖陵（凤阳也在南直隶）等重要场所位于南京，因此不容忽视。南京六部管理着南直隶各地事务，其权力可谓相当可观。
南京六部在升迁和贬谪方面扮演着重要角色。一般进入阁部需要获得六部衔，出身翰林者至少要在一部担任正印。通常情况下，这一职位多属于礼部。由于六部正印只有六个，那么对于许多资历不足的人来说，他们该如何展示政绩呢？这时候，一般会被调往南京六部担任尚书或左侍郎，然后等待京城六部的职位空缺，以便能够直接同级或跨级晋升。
在明朝初期，南京是明朝的首都，宫廷和朝廷大部分时间都在南京。然而，自明成祖朱棣迁都北京后，北京逐渐成为了明朝的政治中心，南京的地位逐渐下降。尽管南京仍然被视为名义上的都城，但实际上的政治和行政权力大部分集中在北京。
北京成为了明朝皇帝的常驻之地，政治决策和行政管理主要在北京进行。重要的官员和机构也多数驻扎在北京，包括六部、中央机构以及军事指挥部等。南京虽然保留了一些中央机构，如礼部、刑部等，但它们的权力受到限制，无法与北京的机构相媲美。
南京作为明朝的备份都城存在的意义更多是象征性的。南京仍然拥有一些地方行政和司法权力，但在中央政治和决策层面的权力相对较弱。南京的官员往往需要与北京保持联系，以获取重要决策和晋升的机会。
明朝时期南京与北京之间的权力分配存在一定的复杂性和争议。尽管南京保留了一些地方行政和司法权力，但在中央政治和行政层面的权力相对较弱，大部分的政治决策和行政管理集中在北京进行。
