五胡乱华时，尽管世家门阀在南北动荡中受到冲击，但其实并未遭受太大损害。自汉末以来，世家一直拥有坞堡、土地、农民依附、书籍和声望。胡人更多地破坏了平民或者豪强的产业，反而是流民被世家吸纳，使世家更加强大，形成了五姓七望这样的庞然大物。北方外族入侵只是让世家服软了一段时间。即便是黄巢，他的起义虽然有推翻世家的目标，但实际上门阀士族在安史之乱时期已经基本终结，贞观至开元盛世是世家败落的时期，尤其在武则天时期，世家被彻底削弱。
黄巢并非寒门出身，他是个走私生意的富翁。他之所以未能通过科举考试，显然是因为个人水平不佳，甚至没有参与潜规则的资格。黄巢的造反原因并非科举落榜，而是他从事私盐贸易，这一行为违法，朝廷自然要对其进行打击，这才是他造反的起因。黄巢没有固定的根据地，只能随处抢劫。至于他喊出的“均田地”口号，实际上无法实现。
黄巢甚至接受了唐朝的招安，说明他不仅不是农民起义的领袖，连农民身份都称不上。他不能代表农民阶层，因为他本身是土匪阶层的一员，是整个社会的败类。他的起义并非出于追求均富，均田地，更不是为了百姓福祉，而纯粹是为了自己。
尽管黄巢消灭了门阀士族，但却让整个中国社会的组织度更加碎片化。门阀士族虽然存在自私腐朽的问题，但出于自身利益考虑，客观上在一定程度上约束了君权的过度扩张。然而，门阀的灭亡导致了宋朝以后君权的全面强化。
世家门阀虽然腐朽，但在国家昌盛时期，却有一些自觉和主动的“股东”、“合伙人”精神。而文人士大夫阶层则仅仅是“满口仁义道德”，因为他们并非国家的“股东”，只是打工的身份。在门阀倒台后，代替者比他们更为腐化。宋明两朝的贪污情况表明，门阀士族的衰落并非带来更好的替代者。
世家门阀的真正衰落原因在于产生他们的历史条件已逐渐消失。山东世族和江南世族从隋唐统一开始受到打压，逐渐衰退。而地方豪强大族的属性也在隋唐时逐渐丧失，越来越向文化世家和宫廷世家转变，失去了在乡土中盘踞的实力。黄巢的登场，则使关陇军事集团遭受重创。到了宋之后，皇权加强、文化教育向普通士人拓展，以及科举制度的改革，导致门阀世族与皇帝共治的时代逐渐结束。
